Фамилия Владивостокова — редкий случай, когда географическое название стало основой для фамилии, причём название это не древнее, а вполне официальное и позднее. Владивосток был основан в 1860 году, и фамилия не могла появиться раньше этого времени. Это сразу отсекает версию о происхождении от старинного прозвища или дохристианского имени: перед нами искусственное, «кабинетное» образование, типичное для духовного сословия.

Словообразовательная модель прозрачна: основа «Владивосток» плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), и женское окончание -а. Мужской вариант — Владивостоков. Суффикс -ов здесь стандартный, а не редкий, но сама основа уникальна. В русской ономастике фамилии от названий городов давали либо семинаристам при поступлении (церковь любила «говорящие» фамилии), либо, реже, людям, переехавшим из этого города и получившим прозвище по месту жительства. Однако в случае с Владивостоком первая версия намного вероятнее: фамилия слишком книжная и пафосная для крестьянского или купеческого прозвища.

Семинаристы нередко получали фамилии по названиям городов, где стояли монастыри или епархиальные управления, или по библейским топонимам, но Владивосток в этом ряду — исключение. Город был молодым, далёким и символизировал для империи «владение Востоком». Фамилия могла быть дана как знак миссионерского служения на Дальнем Востоке или просто как красивая, «географическая» фамилия, не привязанная к реальному месту рождения носителя. В метрических книгах XIX — начала XX века такие фамилии встречаются у выпускников духовных семинарий, особенно в Сибири и на Дальнем Востоке.

Сравните с однокоренными: фамилии Владимиров, Владимирский — массовые и древние. Владивостокова же — штучный товар. Её носителей в дореволюционной России было исчезающе мало. После революции, когда многие семинарские фамилии утратили связь с церковью, она могла сохраниться как редкая и звучная, но никогда не стала распространённой. Сегодня это одна из тех фамилий, которая почти наверняка указывает на происхождение предка из духовного сословия, а не на реальную связь с городом у Тихого океана.