Фамилия Владыченский — одна из тех, что сразу выдают церковное или административное прошлое своего первого носителя. Её основа — слово «владыка», которое в Древней Руси означало не только господина или правителя, но и, в первую очередь, архиерея, епископа. В церковной среде «владыкой» называли любого правящего архиерея, и это слово было почти официальным титулом. Соответственно, Владыченский — это тот, кто имеет отношение к владыке, кто от него зависит или ему служит.

Модель образования здесь типичная для фамилий духовного сословия: суффикс -ский указывает на принадлежность или происхождение. Чаще всего такие фамилии давали в семинариях: будущий священник мог получить фамилию по храму, где служил его отец, по названию села или по церковному празднику. В случае Владыченского логичнее всего предположить, что предок был либо служащим при архиерейском доме (ключник, ризничий, певчий), либо жил на земле, принадлежащей епархии. Реже фамилия могла возникнуть от прозвища самого попа, которого в быту звали «владыченским» из-за его особого положения.

Встречаются варианты написания — Владычинский, Владыческий, но Владыченский — самая устойчивая форма. Она нередко соседствует с однокоренными Владыкиным и Владычневым, но отличается именно суффиксом: -енский подчёркивает не столько личную принадлежность (как -ин или -ов), сколько происхождение от места или учреждения. Владыченские — это, скорее всего, потомки людей, чья жизнь была связана с епархиальным центром.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям Российской империи — там, где были сильные архиерейские кафедры. В XIX веке Владыченские нередко встречались среди сельского духовенства, но иногда попадались и в купеческих списках: купцы, получившие такую фамилию, могли происходить из церковной среды или быть выходцами из сёл, носивших название Владычня (такие сёла есть, например, во Владимирской и Тверской областях). Точных данных о сословном составе фамилии по всей стране нет, но её семинарское происхождение — самое правдоподобное объяснение.