Фамилия Водкин — одна из тех, где внешняя прозрачность обманчива. Кажется, что корень «вод-» сразу указывает на воду, но в русских фамилиях этот корень чаще связан не с жидкостью, а с именем или прозвищем.

Основа фамилии — «Водка». Вопреки современному значению, в допетровской Руси «водкой» называли не крепкий алкоголь (его именовали «вином» или «хлебным вином»), а уменьшительно-ласкательную форму от слова «вода». В старинных говорах так могли назвать маленький ручей, родник или просто воду в ласковом, детском обращении. Но куда вероятнее, что Водкой прозвали человека, который любил выпить, — прозвище по поведению. В русской ономастике это типичный случай: фамилии Пьянов, Хмельницкий, Водкин стоят в одном ряду.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Водкин — «чей?» — «сын Водки». Модель образования типична для северных и центральных областей России, где преобладал притяжательный суффикс -ин, а не -ов. Если бы фамилия образовалась на юге или в Поволжье, скорее бы получилось Водков.

Есть и другая, более редкая версия. В некоторых говорах «водкой» называли руль или весло у лодки — деталь, которая «водит» судно. Тогда Водкой могли прозвать лодочника, перевозчика или кормчего. Но эта гипотеза слабее: слово «водка» в значении «рулевое весло» фиксируется лишь в отдельных диалектах и не имеет широкого распространения, в отличие от прозвища, связанного с характером.

Фамилия Водкин встречается в основном в центральных областях России, особенно в Тверской, Ярославской и Костромской губерниях. Самый известный носитель — художник Кузьма Петров-Водкин, но его фамилия двойная, и вторая часть как раз идёт от этого корня. В крестьянской среде Водкины не были дворянами или духовенством — это типичная фамилия, возникшая из уличного прозвища, которое закрепилось за родом.