Фамилия Водопян — одна из тех, где связь с ремеслом или занятием прослеживается почти напрямую, хотя и не без нюанса. Основа «водо-» указывает на воду, а вторая часть «-пян» — результат фонетического изменения от «пьёт». Выходит, «Водопян» — это «водопой», человек, который пьёт воду. Но прозвище давали не просто любителю попить. Чаще всего так называли того, кто пил воду вместо хмельных напитков, то есть трезвенника. В крестьянской среде, где самогон и брага были частью быта, человек, сознательно отказывающийся от алкоголя, сразу получал меткую характеристику — Водопян.

Суффикс «-ян» типичен для южнорусских и украинских фамилий. Он выполняет ту же роль, что и русское «-ов» или белорусское «-ич»: указывает на принадлежность к роду. Водопян — буквально «сын Водопья» или «из семьи Водопянов». Встречается эта фамилия в основном на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также на востоке Украины. В центральных и северных регионах больше распространён вариант Водопьянов, образованный с помощью более привычного для тех мест суффикса.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «водопья» могли называть не человека, а животное: корову или лошадь, которая много пьёт. В таком случае прозвище могло перейти на хозяина этой скотины. Но это скорее исключение, чем правило. Основная масса носителей фамилии Водопян ведёт род от того самого трезвенника, чью привычку не пить хмельное закрепили в родовом имени.

Однокоренные фамилии — Водопьянов, Водопьянский, Водопьян — различаются только суффиксами, но корень у всех один. Словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе «характеризующих», образованных от прозвищ по поведению или привычке. Никакого тайного смысла или дворянского происхождения за Водопяном не стоит — это честная крестьянская фамилия, которая просто и точно называла человека по его образу жизни.