Фамилия Водопьян — яркий пример прозвищного именования, построенного по модели, характерной для всех славянских языков: восточных, западных и южных. Чаще всего такие фамилии возникали от личного прозвища, которое давали человеку по какой-то заметной черте.

Прямое и самое убедительное объяснение лежит на поверхности: прозвище Водопьян сложили из двух слов — «вода» и «пьяный». Только смысл у этого прозвища был не про алкоголь. Водопьяном обычно называли того, кто пил много воды, то есть водохлёба. Парадоксально, но иногда так могли прозвать и человека, вовсе не пьющего спиртного, — по контрасту с окружающими.

Менее вероятна версия, что в основе лежит мирское имя Водопьян, данное по названию растения. В некоторых говорах водопьяном называли дурман — ядовитую траву, которая вызывает помутнение рассудка, словно бы «опьяняет» водой или соком. Однако эта гипотеза уступает первой по распространённости: прозвища по привычкам и поведению встречаются в ономастике гораздо чаще, чем по ботаническим названиям.

Исторические источники подтверждают, что родственные именования бытовали уже в XVI веке. В документах, собранных С. Б. Веселовским, упоминаются: бортник из Суздаля Гридя Водопьян (XVI век), Водопьян Кузьмич Кутуков из Рязани (1597 год), а также крестьяне и посадские люди Водопьяновы из Новгорода (XVI век). Эти записи показывают, что фамилия не была привязана к одному сословию или ремеслу — её носили и бортники, и крестьяне, и горожане.

Суффикс в этой фамилии — нулевой, то есть прозвище перешло в фамилию без изменений, в чистом виде. Такая модель (прозвище → фамилия) особенно характерна для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где фамилии на -а, -о, -ий нередко обходились без патронимических суффиксов. В русском же языке более привычной стала форма Водопьянов, где к основе добавился суффикс принадлежности -ов. Оба варианта сосуществуют и сегодня.