Фамилия Водяшкина — редкий случай, когда основа настолько прозрачна, что сразу вызывает ассоциации с водой, но механизм её образования не так очевиден. Если бы фамилия произошла напрямую от слова «вода», мы бы скорее получили Водин или Водяной. Здесь же перед нами суффикс -яшк-, который в русском языке встречается нечасто и придаёт слову уменьшительно-ласкательный или даже шутливый оттенок (сравните: «моряк» — «моряшка», «грязный» — «грязнушка»). Скорее всего, прозвище Водяшка дали человеку, который постоянно был мокрым: рыбаку, лодочнику, перевозчику или тому, кто работал на воде и не просыхал от брызг.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: сначала прозвище Водяшка (человек, связанный с водой), затем через притяжательный суффикс -ин образуется фамилия Водяшкин, а её женская форма — Водяшкина. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Водяшкин, то есть сын или потомок Водяшки. Такая модель преобладает в северных и центральных областях России, хотя сама фамилия встречается повсеместно, но небольшими гнёздами.

Интересно, что в некоторых говорах «водяшкой» могли называть не только человека, но и водяного духа, домового, живущего в воде. Однако вряд ли предки носителей фамилии имели в виду нечистую силу — скорее это было бытовое, добродушное прозвище. В ономастических словарях фамилия не фигурирует среди распространённых, что говорит о её локальном происхождении: она могла возникнуть в одной деревне или семье и не разойтись широко.

Сравните с однокоренными фамилиями: Водянов (от «водяной»), Водопьянов (от «воду пьющий»), Водорезов (от «водорез» — часть корабля). Водяшкина стоит особняком — по суффиксу она ближе к фамилиям-прозвищам вроде Грязнушкин или Милашкин, где основа описывает характерное свойство или занятие человека. Сословной принадлежности по фамилии не определить — прозвище могли дать и крестьянину, и мещанину, если его ремесло было связано с рекой или озером.