Фамилия Водяшкин — яркий пример того, как русская фамилия может родиться не из имени или профессии, а из прозвища, данного по характеру или внешности. В её основе почти наверняка лежит слово «водяшка». В народной речи так называли водянистые, невкусные плоды (например, арбуз или огурец, который «пошёл в воду»), а также жидкую, пустую кашу или похлёбку. Но чаще всего «водяшкой» в XIX веке дразнили человека бледного, болезненного, с отёчным лицом — того, про кого говорили «водянкой пухнет».

Суффикс -ин в фамилии Водяшкин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Водяшки». Такая модель типична для прозвищных фамилий центральной России. Географически фамилия встречается рассеянно, без явного гнезда, но чаще — в бывших губерниях средней полосы: Тамбовской, Рязанской, Нижегородской. Там слово «водяшка» бытовало в диалектах именно в значении «нездоровый, водянистый человек».

Любопытно, что Водяшкин — редкий случай, когда прозвище не ушло в небытие, а закрепилось в фамилии, хотя его смысл со временем стёрся. Носитель фамилии сегодня, скорее всего, и не подозревает, что его предок получил кличку отнюдь не за любовь к воде, а за болезненный вид или невзрачную внешность. Других версий, вроде связи с водяным духом или профессией водоноса, ономастика не поддерживает: они не объясняют уменьшительно-уничижительного суффикса -яшк-, который в русских прозвищах всегда нёс оттенок насмешки или сожаления.