Фамилия Вогулкин — одна из тех, где корень сразу бросается в глаза, но расшифровка требует осторожности. Самая прямая и напрашивающаяся версия — связь с этнонимом «вогулы». Так до начала XX века в России называли народ манси, коренное население Северного Урала и Западной Сибири. Если предок носил прозвище Вогу́л или Вогу́лка, это могло означать либо его принадлежность к этому народу по крови, либо особенности внешности, быта или речи, которые окружающие связывали с вогулами. В русских говорах прозвища по национальному признаку давали не всегда точно: так могли назвать и русского, долго жившего среди манси и перенявшего их обычаи.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Вогулкин, то есть сын или потомок Вогулки. Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Вогу́лка — уменьшительно-пренебрежительная или обиходная форма от «вогу́л». В документах XVII–XVIII веков, когда шло активное освоение Урала и Сибири, фамилии и прозвища по этническому признаку встречались часто: рядом с Вогулкиными жили Зыряновы (от «зыряне» — коми), Черемисины (от «черемисы» — марийцы) или Татариновы.

Есть и вторая, более редкая версия, которую стоит упомянуть. В некоторых северных и уральских говорах словом «вогу́лка» могли называть небольшую, но быструю речку или ручей — возможно, от местного гидронима. В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком, жившим у такого водоёма. Однако эта гипотеза слабее: прямых диалектных записей слова «вогулка» в значении «речка» нет, а связь с народом манси лежит на поверхности и подтверждается географией фамилии.

Вогулкины — фамилия преимущественно уральская. Чаще всего она встречается в Свердловской, Тюменской и Пермской областях, то есть как раз в тех краях, где исторически проходили границы расселения манси и где русские переселенцы с ними непосредственно контактировали. В переписях и ревизских сказках XVIII века носители этой фамилии числились среди государственных крестьян и горнозаводского населения — рабочих уральских заводов. Это ещё раз подтверждает бытовое, а не дворянское происхождение фамилии: она родилась в крестьянской или мастеровой среде, где прозвища давали метко и по делу.