Фамилия Волдырев образована от прозвища Волдырь. В основе лежит нарицательное «волдырь» — водянистый пузырь на коже. Прозвище могли дать человеку с заметной кожной особенностью: например, с родимым пятном, шрамом, следом от ожога или частыми высыпаниями. В русских говорах у слова «волдырь» были и переносные значения — так могли назвать капризного, обидчивого человека, который «надувается» как волдырь, или, наоборот, невысокого и плотного («пухлого») крестьянина.

Словообразовательная модель простая: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Волдырев, то есть сын или потомок Волдыря). Такая схема типична для русских фамилий, возникших из прозвищ в XV–XVII веках. В отличие от фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я (Волдырин от Волдыря), вариант Волдырев закрепился, скорее всего, в центральных и северных губерниях, где суффикс -ев был продуктивнее.

По сословной принадлежности Волдыревы — почти наверняка крестьянский род, реже — мещанский. В дворянские гербовники фамилия не попала, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение. Встречается она в основном в Поволжье и на юге России: например, в переписных книгах XVII века по Симбирскому уезду упоминаются крестьяне с таким прозвищем.

Спорных версий две. Первая — от тюркского «булдыр» (быть, становиться), но для русского уха это звучит натянуто, а письменных свидетельств перехода «б» в «в» в этой фамилии нет. Вторая — от имени Володимир (Володя) через искажение Волдырь, но это маловероятно: прозвище Волдырь встречается в документах как самостоятельное, без связи с Владимиром. Самая правдоподобная версия — прямая связь с внешностью или характером предка.

В современных носителях фамилия нередко вызывает ассоциацию с чем-то неприятным, но этимологически это лишь бытовое прозвище, без негативного оттенка в момент возникновения.