Фамилия Волошкина — нечастая, и её происхождение не укладывается в один простой ответ. Чаще всего её связывают с географическим названием, а не с растением или личным именем, хотя обе версии имеют право на существование.

Наиболее убедительная гипотеза отталкивается от гидронима Волошка. Так называется река в Архангельской области, правый приток Онеги. На её верховьях стоит одноимённый посёлок, соединённый железнодорожной веткой с магистралью Няндома — Коноша. В таком случае прозвище Волошка получал человек, пришедший с этой реки или из этого посёлка. Модель типична для северных русских фамилий: прозвище по месту жительства или выхода, а затем фамилия на -ин, указывающая на принадлежность: «чей?» — Волошкин, то есть сын или потомок Волошки.

Суффикс -ин в фамилии Волошкина — один из самых распространённых в русской ономастике, он присоединялся к основам на -а/-я. Здесь основа Волошк-: прозвище Волошка дало Волошкин, а женская форма — Волошкина.

Вторая версия — от мирского имени или прозвища Волошка, образованного от названия растения. Волошка — это народное, диалектное название василька (в некоторых говорах — также бодяка или осота). В дохристианской традиции такие «растительные» имена давали детям, чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему жизненную силу. Но у этой гипотезы есть слабое место: имя Волошка в старых документах почти не встречается, в то время как гидроним Волошка хорошо известен и зафиксирован. Поэтому географическая версия выглядит правдоподобнее.

Интересно, что фамилия Волошкин (и её женская форма) почти не встречается за пределами Русского Севера. Это косвенно подтверждает связь с архангельской рекой. В центральных и южных областях России гораздо чаще встречаются фамилии от того же корня, но с другим суффиксом — Волошков, Волошковский. Разница в суффиксе (-ов вместо -ин) как раз и указывает на разную словообразовательную модель: Волошков — от прозвища Волошок (с окончанием на согласный), а Волошкин — от Волошка.