Фамилия Вонючкина — женская форма фамилии Вонючкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Вонючка. Вопреки первому впечатлению, это не обязательно ругательство или характеристика нечистоплотного человека. В русских говорах слово «вонючка» имело несколько значений, и большинство из них были вполне бытовыми и беззлобными.

Самая распространённая версия связывает прозвище с растением. Вонючкой в народе называли багульник, дикий перец, а иногда и полынь — то есть любую траву с резким, сильным запахом. Прозвище Вонючка мог получить травник, знахарь или человек, живший рядом с болотистой местностью, где обильно рос багульник. Вторая версия — прозвище закрепилось за курильщиком или за тем, кто нюхал табак, поскольку запах табачного дыма в крестьянской избе считался неприятным и «вонючим».

Менее правдоподобна, но встречается в ономастике версия о прозвище, данном за неопрятность. Однако фамилии от таких корней (например, Вонюков) в старинных документах фиксируются редко и обычно не в качестве прямого оскорбления, а как шутливое внутрисемейное прозвище.

Словообразовательная модель проста: основа Вонючк- + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын или дочь Вонючки). Такие фамилии характерны для северных и центральных областей России, где активно использовалась притяжательная форма на -ин. Встречается Вонючкина в основном в бывших вотчинах Новгородской и Вологодской губерний.

Сравните с однокоренными фамилиями: Вонюков, Воняев, Вонючий. Все они восходят к одному древнерусскому корню «воня» — запах. В древности слово «воня» означало просто «запах», без отрицательной окраски (сравните с церковнославянским «благовоние»). Отрицательное значение закрепилось позже, поэтому в XV–XVI веках прозвище Вонючка не воспринималось как нечто унизительное — это был скорее описательный признак.