Фамилия Вовенков — одна из тех, где при кажущейся простоте скрывается сразу несколько возможных объяснений. На первый взгляд, в ней слышится что-то «военное» или связанное с водой, но этимология здесь сложнее.

Главная загадка — основа «Вовен». Если отбросить типичный русский суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Вовенков), остаётся корень «Вовен-». Самое вероятное объяснение: это вариант имени Вова, то есть Владимир. В разных говорах уменьшительные формы могли звучать не только как Вовка, но и как Вовеня, Вовень, а отсюда — прозвище Вовен. Тогда Вовенков — «сын Вовена», а предок был человеком по имени Владимир, которого в быту звали ласково или пренебрежительно Вовеном.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с диалектным словом «вовенка». В некоторых северных и сибирских говорах так называли небольшую рыбацкую лодку или челнок. В этом случае прозвище Вовенок могли дать рыбаку, лодочнику или перевозчику. Суффикс -к- в прозвище (Вовенок) потом перешёл в фамилию через форму Вовенков — «чей сын?» — Вовенкова. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается в регионах с развитым речным промыслом.

Третья возможность — искажённая форма от «Вовенков» как варианта фамилии Вовенкин, где основа восходит к женскому имени Вовеня (от Вовы). Но по частотности и географии (фамилия фиксируется в Тверской, Псковской областях и на Урале) первая версия — от имени Владимир — остаётся самой правдоподобной.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище или уменьшительное имя на -ен(ь) + суффикс -ов. Ничего экзотического, но именно это и ценно: Вовенков — не искусственная книжная фамилия, а живая, возникшая в крестьянской или мещанской среде, где человека называли по отцу или по характерной черте.