Фамилия Вовкуненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от имени Вовкун. Вовкун – производная форма имени Владимир. В народной этимологии последняя часть имени стала соотноситься с русскими словами «миръ» («спокойствие») и «міръ» («вселенная»), а все имя, таким образом, стало восприниматься как означающее «владеющий миром» или «правящий мирно». Поэтому Вовкуненко буквально понималось как «сын Вовкуна».