Фамилия Вовкун — редкий случай, когда суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Если бы фамилия оканчивалась на -ов или -ин, мы бы сразу отнесли её к великорусской модели. Но суффикс -ун (как в Баламут, Ворчун, Скакун) в фамилиях чаще встречается на западе и юго-западе славянского мира: у украинцев, белорусов, поляков. Именно там прозвища с этим суффиксом легко становились наследственными фамилиями, минуя стадию отчества на -ович. Вовкун, скорее всего, одна из таких фамилий.

Основа — «вовк», что по-украински и по-белорусски значит «волк». В русском языке этот корень сохранился в диалектах, но литературная форма закрепилась как «волк». Суффикс -ун добавляет к основе значение деятеля или носителя признака: Вовкун — это не просто «волк», а «тот, кто похож на волка» или «волк в переносном смысле». В прозвищах такое окончание часто давало оттенок постоянного свойства: не единичный поступок, а черта характера. Вовкуном могли назвать угрюмого, нелюдимого человека, одинокого охотника или того, кто жил на отшибе.

Словообразовательная модель проста: корень «вовк» + суффикс «-ун». Фамилия не дворянская и не книжная — она вышла из народной среды, из прозвищной традиции, где звериные имена давали не в обиду, а для характеристики. В отличие от фамилий на -енко (Вовченко) или -ук (Вовкун — не путать с Вовкуном, это разные модели), вариант с -ун не так распространён, поэтому носителей Вовкунов меньше, и они чаще встречаются в западных областях Украины, в Полесье и на юге Беларуси.

В написании фамилии нет сложностей: она произносится так же, как пишется. Ударение, судя по типичной модели, падает на последний слог — Вовку́н. Встречаются варианты с буквой «о» в корне (Волкун), но они редки и, вероятно, результат поздней русификации. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Вовк, Вовченко, Вовчик — все они восходят к тому же звериному прозвищу, но разными суффиксами.