Фамилия Войдаковский — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную. Её основа — топоним Войдаково или Войдаков. Такие названия встречаются в восточнославянских землях, чаще в Беларуси и на западе России. Суффикс -ский в этой фамилии не бытовой, а «дворянский» или «географический»: в XVI–XVII веках его получали те, кто владел поместьем с таким именем, или выходцы из соответствующего села. Если предок был крестьянином или мещанином, фамилию на -ский ему могли дать при переписи по месту жительства — например, «Иван из Войдакова».

Корень «Войдак» — тёмный и допускает две версии. Первая, самая прямая: от личного имени Войдак, которое могло быть производным от славянского «вой» (воин). Вторая, более правдоподобная для топонима: от балтского или ятвяжского корня, ведь на западе Беларуси и в Подляшье (современная Польша) встречаются похожие названия — Woydak, Wojdakowo. Балтские языки знают слово «vaidà» (знание, весть) или личное имя Vaidakas. Фамилия могла возникнуть на землях, где смешивались славянские и балтские племена, и закрепиться за шляхтой или однодворцами.

Обратите внимание на написание: «Войдаковский» с буквой «й» — не единственный вариант. В старых метриках и ревизских сказках XIX века встречается «Войдаковский» (с твёрдым «о») и «Войдаковский» (с ударением на второй слог). Если ваши предки писались через «и» — «Воидаковский», это указывает на книжное, церковнославянское влияние, когда «ой» заменяли на «ои» для благозвучия. Такая вариативность типична для фамилий, которые записывали со слов, а не по документам.

Сословно носители Войдаковских — почти всегда мелкопоместная шляхта или выходцы из духовенства. В Речи Посполитой фамилии на -ский были маркером благородного происхождения, но после разделов Польши многие шляхтичи потеряли привилегии и перешли в податные сословия. Если ваша ветвь жила на территории бывшей Гродненской или Минской губернии, скорее всего, предки были «околичной шляхтой» — мелкими землевладельцами, которые пахали сами, но числились дворянами. В архивных делах по этим губерниям фамилия встречается с конца XVIII века, но нечасто — это не массовая фамилия, а локальная, привязанная к одному-двум сёлам.

Спорный момент — связь с литовским словом «vaidoklis» (призрак). Эта версия популярна в любительской ономастике, но лингвистически слаба: суффикс -овск- не типичен для прозвищ, образованных от абстрактных понятий. Фамилии от «призрака» давали бы скорее через -ин или -ов (Войдаклин, Войдаков), а не через топонимический формант. Поэтому версия с топонимом или личным именем Войдак надёжнее. Если хотите проверить, ищите в метрических книгах сёла Войдаковщина или урочища Войдаково — они есть в архивах Беларуси и Польши.