Фамилия Войдаковская — одна из тех, что сразу выдают своё географическое происхождение. Суффикс -ск- указывает на то, что она образована не от прозвища отца, а от названия места: села, деревни или усадьбы. Владелец такой фамилии — либо потомок человека, который владел этим местом (дворянин), либо выходец оттуда (крестьянин или мещанин, записанный по месту рождения).

Основа фамилии — топоним Войдаково или Войдаковка. Такие названия встречаются в основном на западе и юго-западе исторической России, в зоне влияния польского и украинского языков. Корень «Войд-» скорее всего восходит к личному имени Войда (уменьшительное от Войцех, Войтех) или к прозвищу Войда, которое в польских диалектах могло означать «воевода» (предводитель, военачальник) или «войт» (староста, сельский глава). В украинском языке слово «войда» иногда использовалось как ироничное прозвище для крикливого, требовательного человека.

Таким образом, первый носитель фамилии Войдаковский (мужская форма) был либо шляхтичем, владевшим хутором Войдаково, либо крестьянином, переселившимся из села с таким названием. Женская форма Войдаковская — это либо жена, либо дочь такого человека. Фамилия редкая: она не входит в сотни самых распространённых, её носители рассеяны по западным областям России, Беларуси и Украины, что подтверждает её локальное, «гнездовое» происхождение. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые покрывают почти всю Россию, Войдаковская крепко привязана к конкретному региону, и именно эта привязка — главный ключ к её истории.