В основе фамилии Войновский — не столько личное имя, сколько географическое прозвище. Скорее всего, её получил человек, владевший землёй в одном из польских селений Войновице, Войново или Войнов. Названия этих мест, в свою очередь, произошли от западнославянского прозвища Войно — аналога русского Воин. Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение: в Речи Посполитой такие фамилии носили землевладельцы, чьи родовые гнёзда назывались по имени основателя.

Менее правдоподобная версия выводит фамилию напрямую от славянского имени Войно. В русской традиции имя Воин действительно фиксировалось, но не как крестильное, а как прозвание, закрепившееся в документах. В святцах встречаются не только имена, но и прозвища святых — Иван Постник, Зосима Воин, Иван Воин. Некоторые малограмотные священники могли ошибочно записать младенца не по имени святого, а по его прозванию, и так появлялись люди с официальным именем Воин или Войно. Однако для фамилии Войновский такая прямая связь с именем менее вероятна: суффикс -ский обычно передаёт принадлежность к местности, а не прямое отчество.

Таким образом, предок Войновских — скорее всего, польский шляхтич, владевший поместьем, название которого восходит к прозвищу Воин. Это ставит фамилию в один ряд с однокоренными Войнов, Войников, Войницкими, но отличает её именно территориальным, а не патронимическим происхождением.