Фамилия Войташенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала главным маркером украинской ономастики. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький» или «сын»: Войташенко — буквально «сын Войташа». Но если с суффиксом всё прозрачно, то основа Войташ- требует разбора.

Войташ — это производная форма от имени Войт, которое, в свою очередь, восходит к западноевропейскому Vogt (нем. «управляющий», «староста»). В польской и украинской традиции войтом называли выборного главу сельской общины или городского магистрата. То есть Войташенко — это фамилия, образованная от социального статуса: предок был войтом, либо его так прозвали за властный или распорядительный нрав. Однако суффикс -аш- в основе (Войташ) — это уменьшительно-ласкательная или патронимическая форма: Войташ — «маленький Войт» или «сын Войта». Таким образом, цепочка выглядит так: прозвище Войт → уменьшительное Войташ → фамилия Войташенко (сын Войташа).

Географически фамилия тяготеет к западу Украины — к Волыни, Подолью, Галичине, где польское влияние было сильным, а институт войтовства — распространён. В России и Беларуси фамилия встречается реже и часто в украинизированных вариантах. Интересная деталь: в польском языке существует фамилия Wojtaszenko с тем же корнем, но в польской записи она сохраняет букву j. Появление фамилии в документах Российской империи могло сопровождаться искажениями: Войташенко могли записать как Войташенков, подгоняя под русскую модель на -ов.

Спорных версий происхождения немного. Иногда основу связывают с литовским vaitas («староста») или с польским wojtać («судиться»), но это менее вероятно: прямое заимствование из немецкого через польское посредство — общепринятая версия в ономастике (работы Б. Унбегауна и Ю. Редько). Социальный статус предка здесь более надёжен, чем гипотетическое прозвище от глагола: войт — должность конкретная и документированная.