Фамилия Войташук звучит по-украински, и её разбор стоит начать с суффикса -ук. В украинской ономастике этот суффикс образует фамилии от имён и прозвищ, указывая на принадлежность или родство: Войташук — это буквально «сын Войташа» или «потомок Войташа». Сама основа Войташ — производная от имени Войт, которое в свою очередь восходит к польскому wójt, а в конечном счёте к немецкому Vogt. В средневековой Польше и на западнорусских землях войтом называли выборного главу городского самоуправления или сельского старосту. Так что в основе фамилии лежит не просто имя, а социальный статус предка.

У фамилии есть и вторая, более прозрачная версия происхождения. Войташук могло образоваться напрямую от прозвища Войт, которое давали человеку, занимавшему должность войта, или тому, кто вёл себя властно, как начальник. Суффикс -аш (Войташ) здесь выполняет роль уменьшительно-ласкательной или пренебрежительной формы, а затем уже на него нарастили типичный украинский -ук. Такой двойной суффикс — редкая деталь, которая отличает Войташука от более частых Войтенко или Войтович. В украинском языке -ук — один из самых распространённых патронимических суффиксов, особенно на Волыни, в Галиции и на Подолье. Именно в этих регионах фамилия Войташук встречается чаще всего, и её носители, скорее всего, были потомками сельских старост или городских чиновников низшего звена.

В польском языке есть похожая фамилия Wojtaszuk, которая пишется через sz (читается как «Войташук»). В русской передаче букву «ш» закрепили, что делает написание однозначным. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Войташук — более локальный и поздний вариант, чем, например, Войтов, который распространён в Беларуси и России. Социальный контекст здесь простой: предок носителя фамилии был не дворянином, а человеком с административной властью на местах — войтом, что в иерархии Речи Посполитой стояло ниже шляхты, но выше простых крестьян.