Фамилия Воюшина — женская форма фамилии Воюшин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени предка по мужской линии. В основе лежит слово «воюша» или «воюн». В древнерусском языке «воя» означало «воин», а суффикс -уша/-юша придавал слову оттенок уменьшительности или, наоборот, пренебрежения, как в словах «толстуша», «грязнуша». Таким образом, Воюша — это прозвище либо для бойкого, драчливого человека, либо, что вероятнее, для профессионального воина, но с бытовым, неофициальным оттенком.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных русских земель: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Воюши». Такая фамилия могла закрепиться за крестьянином или посадским человеком, а не за дворянином, потому что знатные роды чаще использовали суффиксы -ов/-ев или -ский. Интересно, что прозвище «Воюша» встречается в новгородских и псковских писцовых книгах XV–XVI веков: так могли называть не только воина, но и непоседливого ребёнка или даже человека с воинственным нравом, который постоянно ввязывался в споры.

Есть и более редкая версия: корень мог быть связан с диалектным глаголом «воить» — выть, завывать. В некоторых говорах «воюша» — это плакса или тот, кто громко причитает. Но эта гипотеза слабее, потому что фамилии с таким значением обычно образовывались от других основ (например, Плаксин). Основной и наиболее правдоподобный вариант — воинское или поведенческое прозвище.

Фамилия Воюшина не относится к числу массовых, она сосредоточена в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской областях — на территории бывшего Русского Севера, где долго сохранялись архаичные формы прозвищ. Встречаются и однокоренные фамилии: Воюев, Воютин, Воюков — все они восходят к той же древнерусской лексике, связанной с войной и воинской службой.