Фамилия Выгынов — редкая, и её разбор требует внимания к неочевидному корню. В отличие от типичных фамилий на -ов, образованных от крестильных имён или названий профессий, основа «выгын» почти не встречается в современных русских говорах. Это даёт простор для двух основных версий, причём одна из них заметно правдоподобнее.

Наиболее вероятное объяснение — связь с древнерусским словом «выгон» (пастбище, место для выпаса скота). В диалектах северных и центральных областей России слово могло произноситься с твёрдым «г» и редуцированной гласной, что и дало форму «выгын». В таком случае фамилия относится к разряду «топографических»: её получил человек, живший у выгона или владевший им. Суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Выгына», то есть человека, которого прозвали по месту жительства.

Менее убедительная, но допустимая версия — происхождение от тюркского личного имени или прозвища. В некоторых тюркских языках корень «выгын» может означать «крик», «шум» или быть фонетическим вариантом имени, связанного с родовым тотемом. Однако для этой гипотезы нет твёрдых исторических подтверждений, и она остаётся умозрительной. Скорее всего, перед нами чисто русская фамилия, возникшая в крестьянской среде и закрепившаяся в узком ареале — возможно, в Поволжье или на Русском Севере.

Особенность фамилии — её редкость. Она не фиксируется в массовых списках дворянских или купеческих родов, что подтверждает её «земледельческое» происхождение. Носители Выгыновых, скорее всего, были вольными или помещичьими крестьянами, чьё прозвище со временем стало родовым именем. Сравните с однокоренными фамилиями Выгонов, Выгонный — они встречаются чаще, но сохраняют ту же смысловую привязку к пастбищу.

Поскольку фамилия не получила широкого распространения, её носители, вероятно, происходят из одного корня — небольшой группы семей из одного села или волости. Найти точное место зарождения можно только по архивным записям, но сам корень указывает на сельский быт и хозяйственный уклад.