Фамилия Вылупко — случай, когда основа не очевидна, а суффикс указывает на географию. Модель на -ко характерна для украинской и белорусской ономастики, особенно для Правобережья и Гетманщины. Это уменьшительно-ласкательный или патронимический формант, который в XVI–XVII веках активно использовали для образования фамилий от прозвищ и личных имён. Так что носитель Вылупко, скорее всего, потомок человека с корнями на территории современной Украины или юго-запада России.

Корень вызывает вопросы. Самое прямое и правдоподобное объяснение — от глагола «вылупить» (вытаращить глаза, вынуть скорлупу, очистить). Прозвище Вылупко могли дать человеку с большими или выпуклыми глазами, который часто удивлялся или смотрел в упор. В словаре В. Даля «вылупить» фиксируется и в значении «выставить наружу, выпятить» — это усиливает версию о внешней примете. Альтернативные варианты слабее: например, связь с «вылуплением» цыплят (прозвище по профессии птицевода) менее вероятна, потому что такая основа редка в прозвищной традиции.

Похожие по модели и смыслу фамилии — Вылупков (русский вариант с суффиксом -ов), Вылупленко, Вылупович. Но Вылупко сохранило исходную украинскую форму, без русификации. Встречается фамилия в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани и Дону. В дореволюционных переписях носители Вылупко числились чаще среди казаков и крестьян, что типично для фамилий на -ко, не попавших в дворянскую среду.

Документальных упоминаний о дворянском происхождении нет, и это логично: фамилия образована от бытового прозвища, а не от имени святого или топонима. Она не редкая, но и не массовая — её носители сосредоточены в нескольких регионах, что говорит о локальном возникновении.