Фамилия Вылупкова хранит память о прозвище дальнего предка. В её основе лежит слово «вылупок» — так в старину называли только что вылупившегося птенца. В словаре Владимира Даля это значение зафиксировано прямо: «вылупок — птенец из яйца». Отсюда и берёт начало фамилия.

Чаще всего такие прозвища давали по занятию. Вполне вероятно, что предок современных Вылупковых занимался разведением домашней птицы — кур, гусей или уток. Но возможна и другая версия: прозвище могло отражать внешность человека, например невысокий рост или хрупкое телосложение. В народе могли назвать «вылупком» и младшего, самого маленького ребёнка в семье.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Вылупок добавили суффикс -ов, получилась фамилия Вылупков. Женская форма — Вылупкова — указывает на принадлежность к этому роду по женской линии. В Книге памяти Воронежской области сохранилась запись о Евдокиме Алексеевиче Вылупкове, родившемся в 1883 году в городе Калач. Это подтверждает, что фамилия бытовала в чернозёмных регионах России и не была редкостью среди крестьянского населения.