Фамилия Выртан — редкая, и её происхождение неочевидно. В русской ономастике нет устоявшейся версии, поэтому приходится рассматривать несколько возможных корней, опираясь на звучание и словообразовательные модели.

Наиболее вероятно, что фамилия имеет финно-угорское происхождение, точнее — вепсское или карельское. В этих языках основа «вырт» (или «вирт») означает «гора», «возвышенность», «холм». Суффикс «-ан» в фамилиях прибалтийско-финских народов часто указывает на принадлежность к местности или роду. Таким образом, Выртан могло быть прозвищем человека, жившего на холме или выходца из местности с названием Вырта. Географически фамилия тяготеет к северо-западу России — к Ленинградской области и Карелии, где вепсские и карельские топонимы не редкость.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с эстонским словом «võrt» (сеть, невод). В этом случае фамилия могла указывать на занятие предка: рыбак, изготовитель сетей. Однако в эстонском языке фамилии с таким суффиксом образуются иначе, и «Выртан» звучало бы как «Вырт» или «Вырта».

С точки зрения русского восприятия, фамилия могла быть переосмыслена. В некоторых говорах «выртать» означало «ворочать», «выворачивать» — прозвище могли дать непоседливому или сильному человеку. Но это скорее народная этимология, чем научный факт: письменных подтверждений такого глагола в словарях нет.

Суффикс «-ан» в русских фамилиях встречается, но нехарактерен для фамилий на «-ов» и «-ин» — он типичен для украинских (Выртан) или уже упомянутых финно-угорских моделей. Если фамилия русифицировалась, то, скорее всего, через прибавление окончания «-ов», но в исходном виде она сохранила более древнюю форму.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается: Выртаны могли быть и крестьянами, и мещанами. В дореволюционных метриках эта фамилия встречается единично, что подтверждает её локальный характер.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия Выртан — не случайное искажение, а маркер определённого региона и, вероятно, финно-угорского субстрата в русском населении.