Фамилия Ягафов образована от имени Ягаф, которое, скорее всего, является вариантом чувашским вариантом имени Яков. Яков — это народная форма крестильного мужского личного имени Иаков. Имя Иаков в переводе с древнееврейского языка означает «второй по рождению». Таким образом, потомок человека, которого звали Ягаф, со временем получил фамилию Ягафов.