Фамилия Ягафров — редкий случай, когда тюркское имя стало основой для русской фамилии с помощью самого распространённого славянского суффикса -ов. В основе лежит мужское имя Ягафар (встречаются варианты Ягфар, Ягъфар). Это арабское имя Джагфар (Джафар) в башкирской и татарской фонетической обработке: начальный звук «дж» перешёл в «й», а гласные адаптировались под местное произношение. Имя Джафар означает «ручей», «источник», а в переносном смысле — «щедрый», «обильный». Таким образом, Ягафров — это буквально «сын (или потомок) Ягафара».

География фамилии почти полностью привязана к Башкортостану и прилегающим районам Оренбургской и Челябинской областей. Это типичная модель для русских по форме, но тюркских по корню фамилий, которые массово возникали у башкир и татар в XIX веке, когда закреплялись официальные метрические записи. Суффикс -ов в данном случае не указывает на этническое происхождение носителя, а лишь на способ оформления фамилии по русскому административному образцу.

В дореволюционных документах фамилия могла записываться как Ягафаров — с полным произношением имени. Усечение до Ягафров произошло, скорее всего, в устной речи: в тюркских языках конечный «а» в имени часто редуцируется, и при добавлении суффикса он выпал. Интересно, что в некоторых переписях начала XX века встречается вариант Ягфаров — без первого «а», что отражает диалектное произношение имени.

Носители фамилии в основном принадлежали к сословию государственных крестьян или тептярей (сословная группа в Башкирии, сочетавшая земледельческие и военные повинности). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Встречается она и у мишарей (татар-мишарей), что указывает на широкое бытование имени у разных тюркских групп Поволжья и Приуралья.