Фамилия Ягаферов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного славянского корня, который сразу подсказал бы прозвище или занятие предка. Основа «Ягафер» скорее всего восходит к личному имени, и здесь есть два основных пути: тюркский и финно-угорский.

Наиболее вероятна тюркская версия. Имя Ягафер (варианты — Ягафар, Ягъфар) — это диалектная или фонетическая форма арабского имени Джафар (Джаъфар), что значит «ручей», «источник», а в переносном смысле — «щедрый», «обильный». В татарской и башкирской среде имя Ягафар было распространено, и от него по модели «имя + -ов» образовалась фамилия Ягаферов. Суффикс -ев указывает на то, что основа заканчивалась на мягкий или шипящий звук (фер), что типично для тюркских заимствований в русской передаче. Таким образом, предок носителя этой фамилии мог быть человеком по имени Ягафер, а его потомки стали Ягаферовыми — «из рода Ягафера».

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с именем Яга, которое встречается в коми-пермяцкой и удмуртской ономастике. В этих языках «яг» означает «бор», «сосновый лес», а суффикс -афер мог быть результатом адаптации местного прозвища. Однако эта версия слабее: во-первых, модель образования фамилии через -ов для финно-угорских народов менее характерна, во-вторых, имя Ягафер как цельная форма встречается именно в тюркских метрических книгах.

Географически фамилия Ягаферов привязана к Волго-Уральскому региону — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области. Встречается она редко, что говорит о сравнительно позднем оформлении (вероятно, в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по имени отца). Носители фамилии, скорее всего, происходят из татар или башкир, принявших православие, либо из крещёных татар, у которых арабские имена сохранялись в быту.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень Ягафер- и патронимический суффикс -ов. Ударение, судя по произносительной норме, падает на второй слог: Яга́феров. В дореволюционных записях можно встретить написание «Ягафаров» или «Ягъфаров» — это один и тот же корень, но в другой огласовке, что подтверждает арабское происхождение имени.