Фамилия Ягафаров имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Ягафаров уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Ягафаров являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Ягафаров образована от диалектного варианта мужского арабского имени Джагфар - Ягафар. В переводе на русский язык это имя означает «райский ручей, родник, река». Джагфар — это имя шестого имама, основателя мусульманской общины шиитов. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Ягафаров способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Ягафаров представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.