Фамилия Ягданов — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии, и это сразу отличает её от большинства русских фамилий на -ов. Суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Ягданов — сын или потомок человека по прозвищу или имени Ягдан. Но что стоит в корне?

Самая вероятная версия ведёт к тюркским языкам. В татарском, башкирском и других тюркских наречиях слово «ягдан» (или «ягдын») означает «свет», «сияние», «лучезарный». В таком случае прозвище Ягдан могли дать человеку со светлыми волосами, светлой кожей или просто с «лучезарным» характером — весёлому, заметному. Учитывая, что фамилия распространена среди волжских татар и башкир, а также встречается у русских в Поволжье и Приуралье, эта версия выглядит наиболее правдоподобной.

Менее убедительна, но возможна связь с арабским корнем «джадд» — «дед», «предок». В этом случае Ягдан могло быть личным именем со значением «почтенный», «уважаемый как предок». Однако такая трактовка встречается реже, и для неё нет устойчивой ономастической традиции в русских фамилиях.

Любопытно, что фамилия Ягданов не фиксируется в классических словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна), что подтверждает её локальный, восточный характер. Она почти не встречается в центральных и западных областях России, зато относительно часта в Татарстане, Башкортостане и Оренбуржье. Это позволяет предположить, что предки современных Ягдановых были либо крещёными татарами, либо русскими, жившими в тесном соседстве с тюркскими народами и перенявшими прозвище.

По сословной принадлежности Ягдановы, скорее всего, происходили из крестьян или мещан. Дворянских родов с такой фамилией в «Общем гербовнике» нет. В XIX веке носители фамилии записывались как государственные крестьяне или однодворцы в юго-восточных губерниях — именно в тех местах, где тюркские и славянские говоры смешивались особенно плотно.