Фамилия Ягупец — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с тюркским миром, но не с татарским или башкирским, а с гагаузским, ногайским или кумыкским. Основа «ягуп» — это фонетический вариант имени Якуб (араб. Я‘куб, библейский Иаков). В тюркских языках звук «к» между гласными часто переходит в «г» или выпадает, отсюда формы Ягуб, Ягуп. Суффикс «-ец» указывает на принадлежность к местности или на выходца из неё. Скорее всего, Ягупец — это «человек из рода Ягупа» или «сын Ягупа». Второй, менее вероятный вариант: прозвище могли дать по месту — из села или аула с названием Ягуп (такие топонимы встречаются в Крыму и на Северном Кавказе).

Модель образования проста: тюркское личное имя + патронимический суффикс «-ец», характерный для украинской и южнорусской ономастики. Это значит, что носитель фамилии — потомок человека, которого в документах записали как «Ягуп» или «Ягубец», а со временем фамилия закрепилась в форме Ягупец. В отличие от фамилий на «-ов» или «-ин», которые массово давались по отцу в центральной России, форма на «-ец» чаще встречается в среде казачества, на Запорожье, в Слобожанщине и на юге Беларуси. Поэтому географически фамилия тяготеет к южным и юго-западным регионам бывшей Российской империи.

Сравните с однокоренными: Ягубов (та же основа, но с русским суффиксом), Якупович (сербско-хорватская модель), Ягупович (польско-белорусская). Ягупец стоит особняком — она короче, и её суффикс указывает не на отчество, а скорее на прозвище или на «чужака» из другого рода. В XIX веке так могли записать крестьянина или казака, который не имел фамилии по отцу, а был известен как «Ягупец» — то есть «тот самый Ягуп» или «человек из семьи Ягупов».

Спорных версий здесь немного: иногда фамилию пытаются связать с украинским диалектным «ягуп» (нечто вроде «ястреб»), но это натяжка — такого слова в словарях нет. Более правдоподобна связь с гагаузским именем Ягуп, которое в Молдавии и Буджаке носили многие. Если ваши предки жили на юге Украины или в Бессарабии, версия с тюркским корнем почти стопроцентная. Фамилия недворянская, не священническая — её носителями были крестьяне, казаки, мещане. Встречается она редко, в основном на юге Украины и в прилегающих областях России.