Фамилия Ягупов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Ягупов послужило церковное имя Иаков. Мужское крестильное имя Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». В основу фамилии лег тюркский произносительный вариант этого имени — Ягуп. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ягуп, со временем получил фамилию Ягупов. О точном месте и времени возникновения фамилии Ягупов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ягупов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.