Основой фамилии Ягупьева послужило имя Ягуп. Фамилия Ягупьева восходит к мужскому имени Ягуп. Ягуп (или Ягупий) – тюркский произносительный вариант имени Яков. Яков (или Иаков) в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению», «идущий вслед, последователь». Имя Иаков носит известный библейский герой, младший из двух сыновей-близнецов Исаака и Ревекки. После схватки с богом сам Иаков получил второе имя Израиль («Исраэль» в буквальном переводе «он борется с богом»), а его сыновья стали называться «сыны Израиля». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ягуп, со временем получил фамилию Ягупьева.