Фамилия Ягубова образована от мужского тюркского имени Ягуб, которое, в свою очередь, является мусульманской формой крестильного имени Иаков (в переводе с древнееврейского - «второй по рождению»). Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ягубовых можно лишь на основании генеалогических исследований.