Фамилия Ягубцева — редкий случай, когда основа не бросается в глаза и не даёт однозначного ответа. Сразу скажем: это не от имени Яков и не от «ягода». Ключ к разгадке — в тюркском имени Ягуб (араб. Якуб, библейский Иаков). В русской среде это имя давали крещёным татарам, башкирам, представителям других народов Поволжья, а затем оно перешло в фамилию по стандартной модели: Ягуб → Ягубцев → Ягубцева.

Суффикс -цев указывает на принадлежность: «чей?» — Ягубцев, то есть сын или потомок Ягуба. Такая модель (основа на согласный + -цев) встречается реже, чем привычные -ов/-ев, и характерна для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на твёрдый согласный (ср. Павлов — Павлуцев, но здесь иная фонетика). В случае Ягубцева суффикс -цев мог закрепиться под влиянием местных говоров или как вариант записи в документах.

Географически фамилия тяготеет к юго-востоку европейской России: Саратовская, Самарская, Оренбургская области, Татарстан, Башкортостан. Там в XIX веке фиксировались крестьяне и мещане с фамилией Ягубцев (мужской вариант). Женская форма Ягубцева, естественно, появилась позже, когда фамилии стали передаваться по наследству и жёны принимали фамилию мужа.

Версия о происхождении от прозвища «Ягуб» (возможно, искажённое «ягода» или «ягубка» — вид гриба) крайне маловероятна: ни в одном словаре русских прозвищ такого корня нет. Тюркский след — единственное надёжное объяснение, подтверждаемое и антропонимическими словарями (например, работами А. Суперанской по заимствованным именам).

Таким образом, предки носительницы фамилии Ягубцева, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, принявшими православие и получившими имя Ягуб, а затем и фамилию по отцу. Никаких дворянских корней или знаменитых однофамильцев в открытых источниках не прослеживается — это фамилия крестьянского или мещанского сословия, сохранившая память о восточном имени.