Мужское крестильное имя Иаков (Яков) в переводе с древнееврейского языка означает «второй по рождению». В основу фамилии легла распространенная среди мусульман форма этого имени - Ягубок. Имя Иаков носил библейский герой, младший из двух сыновей-близнецов Исаака и Ревекки. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ягубок, со временем получил фамилию Ягубкова.