Фамилия Ягубкин образована от имени Ягубка, которое является уменьшительной формой мужского тюркского имени Ягуб. Имя Ягуб, в свою очередь, является мусульманской формой крестильного имени Иаков, что в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Имя Иаков носил библейский герой, младший из двух сыновей-близнецов Исаака и Ревекки. Таким образом, потомок человека, которого звали Ягубка, со временем получил фамилию Ягубкин.