Фамилия Ягушкин образована от имени или прозвища Ягушка. Самая прямая и очевидная версия — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Егор (в народной форме Ягор) или от имени Яков. В русских говорах имя Яков нередко произносили как Ягуш, а отсюда уже появлялся и Ягушка. Суффикс -к- в основе указывает на ласкательное или обиходное обращение, типичное для деревенской среды.

Словообразовательная модель проста: к основе Ягушк- добавили патронимический суффикс -ин, который в русских фамилиях означает «сын Ягушки» или «принадлежащий Ягушке». Такие фамилии на -ин характерны для северных и центральных областей России, где они конкурировали с фамилиями на -ов. Ягушкин — типичный пример «именной» фамилии, каких много в крестьянской среде.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает прозвище Ягушка с диалектным словом «ягушка» — так в некоторых говорах называли ягнёнка или, реже, молодую овцу. Прозвище могли дать человеку за кроткий нрав, небольшой рост или как шутливое обращение. Однако эта версия уступает первой по распространённости: производные от календарных имён в русских фамилиях встречаются намного чаще, чем от названий животных.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Вятке, где имя Яков в форме Ягуш было особенно употребительно. Встречается она и в рязанских, и в нижегородских землях. Сословно — почти всегда крестьянская или мещанская, без дворянских корней: фамилии на -ин из личных имён редко попадали в высшие слои общества.

Если сравнивать с однокоренными, то Ягушкин стоит в одном ряду с Ягушиным, Ягуткиным и Якушкиным. Разница в суффиксах: -ушк- и -утк- отражают разные варианты народного произношения имени Яков. Ягушкин — один из тех случаев, когда фамилия сохранила живую разговорную форму имени, почти утраченную в современном литературном языке.