Фамилия Ягушкина — женская форма фамилии Ягушкин, и её разговорное, «домашнее» звучание сразу выдаёт основу: это не книжное, не церковное имя, а народное, сокращённое. В центре стоит имя Ягушка — уменьшительная форма от канонического имени Егор или Яков. В русских диалектах Егора в быту нередко называли Егушей, а Якова — Якушей; форма Ягушка возникла на стыке этих вариантов, с характерным для северных и центральных говоров переходом «е» в «я» под ударением. Так что предок носителя фамилии, скорее всего, звался Егором или Яковом, а в семье его кликали Ягушкой.

Модель образования типична для русских фамилий XVII–XIX веков: суффикс -ин добавляется к основе на -а. Ягушкин буквально значит «сын или потомок Ягушки». Такие фамилии чаще всего встречались среди крестьян и посадских людей, особенно на Русском Севере и в Поволжье, где прозвищные имена на -ушка были особенно живучи. В переписных книгах XVII века, например по Вятке и Архангельской губернии, можно найти записи крестьян с именем Ягушка — это не редкость, а бытовая норма того времени.

Интересная деталь: фамилия Ягушкин (и Ягушкина) могла закрепиться и как прозвищная, независимо от крестильного имени. В некоторых говорах «ягушка» — это ягода, земляника или брусника, а также небольшая деревянная кадка, «ягушка» для солений. Возможно, прозвище дали сборщику ягод или бондарю. Но эта версия менее вероятна: в ономастике фамилии с суффиксом -ин от имён на -уша почти всегда восходят к личным именам, а не к нарицательным словам.

Фамилия Ягушкина не относится к числу распространённых. Её носители в основном сосредоточены в центральных и северных областях России, а также в Поволжье. Встречаются варианты написания с одной «ш» — Ягускина, но это редкое искажение, возникшее при переписи или в документах XIX века. В любом случае, корень один: перед нами фамилия, которая рассказывает о предке, носившем простое, тёплое домашнее имя.