Фамилия Ягушева — женская форма, а её мужской вариант — Ягушев. В основе, скорее всего, лежит тюркское личное имя или прозвище. Корень «ягуш» (или «ягыш») в татарском, башкирском и других тюркских языках восходит к слову «яу» (война, враг) или «ягъ» (масло, жир), но в данном случае более вероятно значение «враг» или «воин». Встречается также имя Ягуш, которое могло быть уменьшительной формой от Ягуда (библейское Иегуда, Иуда) в среде крещёных татар или мордвы.

Обращает на себя внимание суффикс -ев, а не -ов. В русских фамилиях -ев обычно присоединяется к основам на мягкий согласный или на -й. Если исходное имя оканчивалось на -ш (Ягуш), то по правилам должно было бы получиться Ягушев — так и есть. Это указывает на то, что фамилия сформировалась в русской среде, но от иноязычной основы. Фамилия Ягушев (и Ягушева) фиксируется преимущественно в Поволжье, особенно в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях. Это даёт основание предполагать, что предки носителей фамилии — из числа служилых татар, башкир или крещёных народов региона, которые в XVII–XIX веках получали русские фамилии по отчеству.

Встречается и другая, менее распространённая версия: связь с диалектным русским словом «ягуш» — так в некоторых говорах называли ягнёнка или, реже, неопрятного человека. Но она слабее, поскольку фамилия явно тяготеет к тюркскому ареалу, и слово «ягуш» в значении «животное» почти не зафиксировано в письменных источниках. Поэтому основная гипотеза — происхождение от личного имени Ягуш с воинственным значением.