Фамилия Ягишева — женская форма от мужской Ягишев. В её основе лежит прозвище или некалендарное имя Ягиш. В русской ономастике это довольно редкая модель, и её разбор упирается сразу в несколько возможных корней, что и делает фамилию интересной.

Самый прямой путь — от слова «яга». В древнерусском языке «яга» означала «шуба из меха наружу», «кожух», а позже закрепилась за сказочной Бабой-ягой — лесной старухой, одетой в такую шубу. Прозвище Яга могли дать человеку, который носил необычную одежду, был лохматым, неопрятным или жил отшельником в лесу. Суффикс -иш в слове Ягиш — это увеличительная или уничижительная форма (как «домишко» или «ручища»). То есть Ягиш — это «большая или страшная Яга», «злой дух» или просто человек с ярко выраженными чертами, за которые его так прозвали. Фамилия, соответственно, означала «сын (или потомок) Ягиша».

Есть и другая, более прозаичная версия. В южнорусских и украинских говорах «ягаться» означало «браниться», «ссориться», «кричать». Отсюда Ягиш — сварливый, крикливый человек. Эта версия подкрепляется тем, что фамилии с суффиксом -иш/-ишев (Тимошишев, Денисишев) часто образовывались от форм личных имён (Тимоша — Тимошиш) или от прозвищ, характеризующих поведение. Выбрать между «лесной» и «бранчливой» версиями сложно — обе логичны и обе дают ясную картину: предок носителя фамилии был либо заметным внешне, либо несговорчивым по характеру.

Сама фамилия Ягишев (и Ягишева) встречается нечасто. Географически её можно привязать к регионам, где бытовали архаичные прозвища на -иш: центральные области России, Поволжье, отчасти Урал. В современных справочниках (например, в работах В. А. Никонова по географии фамилий) она не фигурирует как массовая, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного прозвища, закрепившегося в конкретном селе или роду.

По сословной принадлежности каких-то ограничений нет: прозвище Ягиш могли дать и крестьянину, и ремесленнику, и служилому человеку. Фамилия не несёт следов дворянского или духовного происхождения — скорее всего, перед нами типичная крестьянская или посадская фамилия, образованная от уличного прозвища.