Фамилия Якишева, как и большинство русских фамилий на -ев, образована от имени или прозвища. Основа здесь — Якиш. Это краткая, разговорная форма одного из крестильных имён: скорее всего, Иакинф (в бытовом произношении — Акинф, Якинф) или, реже, Иаков (Яков). В русской народной традиции имена часто укорачивали: из Иакинфа получалось Якин, Якиня, Якиш, а из Якова — Яшка, Якиш. Суффикс -ш- в таких формах (как Тимош от Тимофей, Прохор — Проша, Прошка) был обычным для ласкательно-упрощённых имён.

Притяжательный суффикс -ев (после мягкой основы) указывает на прямое родство: Якишев — сын Якиша, то есть потомок человека, которого в быту звали Якишем. Первоначально это было отчество, а затем закрепилось как фамилия. По модели образования фамилия типична для центральных и северных русских губерний, где суффикс -ев преобладал над -ин, особенно в среде крестьянства и мещанства.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским именем Якиш (или Якуш), которое могло проникнуть через татарское или башкирское влияние. В ряде тюркских языков «якши» значит «хороший», и прозвище Якиш могло даваться человеку с положительной характеристикой. Однако для фамилии Якишева, распространённой именно в русскоязычной среде, более естественно объяснение через русское просторечное имя. Тюркская версия возможна, если родословная семьи уходит в Поволжье или Приуралье, где смешение культур было сильнее.

Сословно фамилия не элитарная: в XIX веке Якишевы — это преимущественно крестьяне, реже — купцы или мещане. Встречается фамилия в разных регионах, но заметный след оставила в Вятской губернии, а также в Пермском крае и на Урале. Например, в метрических книгах XIX века Якишевы фиксируются как государственные крестьяне Сарапульского уезда. В советское время фамилия не исчезла, но осталась сравнительно редкой — носителей насчитывается не более нескольких тысяч по всей России.

Таким образом, фамилия Якишева — типичный пример русского отчества от обиходной формы имени Иакинф или Яков. Она звучит просто, но за ней стоит живая народная речь: из длинного церковного имени сделали короткое, удобное для повседневного общения — и это прозвище закрепилось за целым родом.