Фамилия Якишина — женская форма, а её мужской вариант Якишин. В основе фамилии лежит имя или прозвище Якиша. Самое очевидное объяснение: Якиша — это разговорная, уменьшительная форма от крестильного имени Иаков (в русском обиходе — Яков). В говорах имя Яков переделывали в Якишу так же естественно, как Якова в Якушу или Яшку. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Якишин, то есть сын или потомок Якиши.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование. В некоторых диалектах «якиша» — прозвище человека, который якает, то есть говорит с характерным «якающим» произношением. В северных и среднерусских говорах «яканье» — это когда вместо «е» произносят «я»: «нясу», «вясна». Человека с такой манерой речи могли дразнить Якишей. Прозвище закреплялось как семейное, а затем превращалось в фамилию.

Обе версии не противоречат друг другу: фамилия могла возникнуть в разных семьях независимо, по разным причинам. Морфологически фамилия проста — это типичная русская модель на -ин, характерная для северных и центральных областей России. Географически Якишины чаще встречаются в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает и народную основу фамилии: в этих краях «якающие» говоры были широко распространены.

Сословная принадлежность у Якишиных не прослеживается — фамилия могла появиться и у крестьянина, и у посадского человека. В дворянские родословные книги она не вписана, что тоже типично для фамилий, образованных от обиходных имён и прозвищ без патронимического суффикса -ович/-евич. Так что предки современных Якишиных — скорее всего, свободные или крепостные крестьяне, получившие фамилию по деду или по уличному прозвищу.