Фамилия Ягубков — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркское имя легло в основу исконно русской модели фамилии. Её ядро — личное имя Ягуб, арабская и тюркская форма библейского Иакова (в русской традиции — Яков). Суффикс -ов указывает на принадлежность: Ягубков буквально означает «сын Ягуба» или «потомок Ягуба». То есть предок носителя этой фамилии, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркоязычного народа, принявшим православие, — имя Ягуб в крещении могли дать в честь святого Иакова, но в быту сохраняли привычную огласовку.

Интересна география фамилии. Ягубковы встречаются в основном в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Самарской и Оренбургской областях. Это те регионы, где веками шёл процесс христианизации местных народов, и фамилии на -ов от тюркских имён — типичное явление. Например, аналогичные модели дали фамилии Абдулов (от Абдул), Муратов (от Мурат), Ибрагимов. Ягубков стоит в этом же ряду, но заметно реже остальных.

Словообразовательная модель проста: к основе Ягуб прибавили патронимический суффикс -ов, характерный для русских фамилий, и получили форму, которая со временем закрепилась в документах. Вариант Ягубкин тоже возможен, но он менее распространён: суффикс -ин чаще присоединяли к основам на -а/-я, а здесь основа твёрдая, поэтому -ов закономернее.

В дореволюционных переписях Ягубковы могли числиться как государственные крестьяне или однодворцы — сословия, типичные для окраин Российской империи, где оседали новокрещёные. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение. Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие — Ягубов, Ягупов, Ягудин — они тоже восходят к тому же имени, но с разными суффиксами.

Таким образом, фамилия Ягубков — не просто указание на отца, а маркер этнической и социальной истории: за ней стоит человек, носивший в быту тюркское имя, но вошедший в русское крестьянское сословие.