Фамилия Ягубцев — один из тех примеров, где корень не сразу бросается в глаза. На слух она кажется восточной или тюркской, но на деле перед нами типичная русская модель: основа плюс суффикс -ев. Суффикс -ев (а не -ов) указывает, что в основе лежит слово или имя, оканчивающееся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Ягубец.

Как могло появиться прозвище Ягубец? Самая вероятная версия — от тюркского имени Ягуб, которое является восточным вариантом библейского Иаков (Яков). В мусульманской среде имя Якуб (Ягуб) распространено широко, и в русских землях, особенно на южных окраинах или в Поволжье, где было тесное соседство с татарами, башкирами или другими тюркскими народами, такое имя могло войти в обиход. Если человека звали Ягуб, то его сына или слугу могли называть Ягубец — «принадлежащий Ягубу». Суффикс -ец в этом случае выполнял роль притяжательного или уменьшительного, как, например, в прозвищах Молодец, Удалец, но с оттенком «тот, кто связан с Ягубом».

Есть и вторая, более редкая версия: Ягубцев могло образоваться от прозвища Ягуба, которое в некоторых говорах означало «ворчун» или «брюзга». Слово «ягуба» (с ударением на второй слог) фиксировалось в диалектах как синоним сварливого человека. Если это так, то прозвище Ягуба дали человеку с соответствующим характером, а его потомки стали Ягубцевыми. Но эта версия менее подкреплена письменными источниками, хотя и не исключена.

Географически фамилия Ягубцев редкая. Основные очаги её бытования — юг России и Поволжье, что косвенно подтверждает связь с тюркским именем. В дореволюционных переписях она встречается в Воронежской и Саратовской губерниях, а также среди казачества. Сословно носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, но встречались и однодворцы. Суффикс -цев в русской ономастике обычно указывает на прозвище, а не на прямое отчество от крестильного имени, так что первый Ягубцев, скорее всего, не сын Ягуба, а его работник или человек, получивший прозвище по имени хозяина или соседа.