Фамилия Ягупьев — редкий случай, когда в основе лежит не каноническое, а разговорное имя, прошедшее через несколько этапов переосмысления. Если смотреть на словообразовательную модель, то перед нами типичная патронимическая фамилия на -ев, то есть указывающая на отца: «чей?» — Ягупьев, то есть сын или потомок человека по имени Ягуп. Само имя Ягуп — это просторечная, народная форма церковного имени Иаков (в русской традиции — Яков). Подобные трансформации были обычны в крестьянской среде: звук «к» заменялся на «г», а окончание менялось под влиянием местных говоров. Так Яков превращался в Ягупа, а его дети становились Ягупьевыми.

Интересно, что фамилия сохранила архаичный суффикс -ьев, а не более привычный -ов. Это указывает на то, что основа имени в момент образования фамилии звучала как «Ягупь» (мягкое окончание) или что фамилия закрепилась в форме родительного падежа с беглым гласным. В любом случае, это говорит о достаточно раннем, допетровском или даже XVI–XVII веке, происхождении, когда нормы написания ещё не устоялись.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским территориям, а также к казачьим областям — Дону, Кубани. Именно там была сильна традиция переделывать церковные имена на свой лад. Встречается она и в среде старообрядцев, которые часто консервировали старые диалектные формы имён.

Таким образом, ваш предок по мужской линии, скорее всего, носил имя Ягуп — то есть был простым человеком, крестьянином или казаком, которого в миру звали не по святцам, а по-соседски. Фамилия не дворянская, не искусственная — она выросла из живого общения и местного говора. Похожие по модели — Ягупов (более частая форма) и Ягудин (от имени Ягуда, тоже производного от Иуды или Иакова).