Фамилия Ягупе — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от тысяч фамилий на -ов и -ин, она не вписывается в стандартную русскую словообразовательную модель. Скорее всего, перед нами фамилия, закреплённая в письменном виде относительно поздно, а её корни уходят в прозвище, связанное с тюркскими или кавказскими языками.

Наиболее правдоподобная версия связывает основу «ягуп» с тюркским именем Ягуб — арабским вариантом библейского Иакова (Якуб). В тюркских языках, особенно у крымских татар, ногайцев или народов Северного Кавказа, форма Ягуп (или Ягуб) встречается как личное имя. Тогда фамилия Ягупе — это русифицированная запись отчества или прозвища, где конечное -е могло появиться при адаптации на русской почве (ср. фамилии типа Купе, Шафе). В таком случае предок носителя фамилии был человеком по имени Ягуп, и его дети получили прозвание по отцу.

Вторая, менее вероятная гипотеза — связь с украинским или белорусским диалектным словом «ягуп», которое могло означать «ворчун» или «нелюдим». Однако эта версия не имеет надёжных лексикографических подтверждений и выглядит натянутой. Скорее всего, фамилия Ягупе — результат записи иноязычного имени в документах Российской империи, где окончание -е нередко фиксировалось у фамилий, принесённых переселенцами из Крыма, Причерноморья или Закавказья.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает её тюркско-кавказское происхождение. Если вы носите эту фамилию, ваши предки, вероятнее всего, были выходцами из среды, где бытовало имя Ягуп, — возможно, это были крестьяне или казаки, получившие фамилию по имени отца при переписях XIX века.