Мужское крестильное имя Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». В основу фамилии лег тюркский произносительный вариант этого имени — Ягуп. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ягуп, со временем получил фамилию Ягупа.