Фамилия Ягуда — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или прозвищ, Ягуда не выводится напрямую из древнерусского языка. Первое, что бросается в глаза, — отсутствие типичного фамильного суффикса (-ов, -ев, -ин). Сама фамилия представляет собой чистую основу, что характерно для фамилий украинского, белорусского или еврейского происхождения, где модель «прозвище в именительном падеже» встречается чаще.

Наиболее вероятная версия связывает Ягуду с еврейским личным именем Йегуда (Иегуда). В русской бытовой традиции это имя нередко сокращалось или адаптировалось, и форма Ягуда — один из вариантов такого освоения. Фамилии, образованные от имени родоначальника без добавления суффикса, типичны для ашкеназских евреев (ср. Абрам, Берк, Герш). Если это так, предок носителя фамилии звался Йегудой, и в документах или устной речи за ним закрепилось это имя как фамильное прозвище.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований, — славянское происхождение. В южнославянских и западнославянских языках существует глагол «ягудати» (в диалектах — кричать, шуметь, браниться) или слово «ягода» в значении «ягода». Однако превращение «Ягода» в «Ягуда» маловероятно без дополнительных фонетических изменений. Правдоподобнее выглядит связь с польским или украинским диалектным «ягудний» (скупой, жадный) — прозвище могло закрепиться за человеком с соответствующим характером. В пользу этой версии говорит география: фамилия Ягуда встречается в западных областях Украины и в Польше, где такие прозвищные модели обычны.

С точки зрения словообразования, если отбросить еврейскую гипотезу, можно предположить, что Ягуда — это усечённая форма от полного прозвища или имени. Например, от древнерусского имени Ягуд (редкое, но фиксируемое в берестяных грамотах) или от прозвища Ягудник (тот, кто ягудит — шумит, скандалит). Но прямых подтверждений этому в письменных источниках нет.

Исторически фамилия Ягуда не была распространена среди дворянства или купечества. Её носители, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию, а в XX веке — к разным социальным слоям. В советских архивах фамилия встречается спорадически, без ярко выраженного регионального центра, что говорит о её локальном характере. Сегодня Ягуда остаётся редкой фамилией, и её носители разбросаны по России, Украине, Беларуси и Израилю.

Спор между двумя основными версиями (еврейская от имени Йегуда или славянская от прозвища) решается только через генеалогическое исследование: если в роду были еврейские корни, версия с именем Йегуда почти наверняка верна. Если же предки — православные славяне, скорее всего, фамилия восходит к прозвищу, связанному с характером или поведением.