Фамилия Ягудаев образована от мужского тюркского имен Ягудай. Первая из них ведет свое начало от имени Ягуда, которое в переводе на русский язык означает «иудей, еврей», «прославляющий Бога». Вторая часть происходит от тюркского «ай».