Фамилия Ягудаева образована от древнееврейско-арабского религиозного имени Ягуда. В его основе лежит персидское слово «яхуди», что значит «еврей, иудей». В буквальном же переводе с еврейского слово «иудей» означает «славящий бога». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ягудаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.